九洲药业研发中心是省级高新技术研究开发中心（全称为“九洲新药省级高新技术企业研究开发中心”），在台州、杭州分别设有研究所，建有两个研发专用中试车间，于2008年成为国家级博士后科研工作站，中心是一个功能齐全的现代化高新技术研发中心，设有多间标准实验室，拥有核磁共振、液质等高端检测设备，有按欧美大型制药公司标准设计建造的实验工作台，研发设备涵盖化学药物、生物药物、制剂等多个方向。
       中心现有研发人员200多人，有“浙江省海外高层次人才计划”、“钱江人才计划”等领军人物，具有博士学位的8人、硕士学位30多人，85%以上具有大学以上学历，多人具有欧美等发达国家留学及工作经历。并与美国威斯康星、霍普金斯、俄亥俄州立大学，国内的清华大学、北京化工大学、浙江大学、南开大学、南京工业大学、浙江工业大学、江南大学、上海交大和中科院等国内外知名院校和科研机构有着广泛深入的合作。
       中心致力于新药及制药新技术的研究，每年投入大量的资金用于研究开发，构建了完善的研发创新体系和考核奖励制度。近几年来，公司每年研发项目达60余项，在产品开发和技术创新方面均取得了突出的成绩，并得到了国家各级有关部门的肯定，在研发中心成果的基础上，九洲药业于2009年被认定为浙江省创新型试点企业，2010年被认定为浙江省专利示范企业。